La identidad propia de toda obra salesiana es la pastoral juvenil. Esa es la herencia de Don Bosco a la Iglesia y a la sociedad. De este modo, en la obra Salesiana Santa Cecilia se planea, construye y celebra en torno a la pastoral. Así, desde la llegada de la primera expedición de salesianos al actual colegio (1899), se buscó llevar a los jóvenes el evangelio de Jesús con la finalidad de "salvar almas". Esa es la finalidad específica de la pastoral de Don Bosco. Por otra parte, la pastoral salesiana tiene como referente el protagonismo juvenil. En ese sentido, ellos son los ejecutores y beneficiarios directos de la praxis apostólica desarrollada en: evangelización, catequesis, liturgia y toda acción específica que les haga "buenos cristianos y honrados ciudadanos". Las grandes áreas específicas de la pastoral del colegio se verifican en las áreas de: enseñanza, retiros espirituales, catequesis y participación sacramental, formación y asistencia espiritual, acompañamiento y orientación vocacional.
